
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应突显蛋白酶组学产品,实现1000+举重若轻度表达位点查出,稳定可靠复现經典靶点,全方法生信定性分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“显示”到“安全验证”全步奏服务项目,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、进行实验程序
02、测试数据表格
03、经“点”再现
在评测数据资料中,检测俩个期刊论文中简讯的特别靶点简述衣康酸呈现位点,如首要个被遇到的衣康酸共价呈现球血清酶KEAP1,还要糖酵解环路中的3个核心酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,并且 炎性小体组成了球血清酶NLRP3和癌细胞烂掉整个过程中的核心球血清酶RIPK3等,其质谱图如表图表达。
04、服务特色
1.多方面质控
商业地产化活性聊天电极孵育、SDS-PAGE检侧、WB核验、范例相关系数分析一下等几周边所有地方检侧,确认楼盘最终结果靠谱性。2.功能卓越指标质谱分析仪器工作平台
在Orbitrap Astral全新那代高分辩质谱仪金刚萨垛下,变现衣康碱化掩盖位点及球蛋白司法鉴定新深度1,助力器小学科学的研究新感觉。3.全环节一坐式贴心服务
特征提取拜谱海洋生物成熟的的进行实验软件平台,可出示“细胞膜的培养→电极孵育→WB加测→玄之又玄度衣康过酸突显加测→专属于生信分折→单一位点PRM检验”全的流程保障,省时省钱更省钱。05、分析一下东西(区域)
06、利用大方向
PART 2、论文资料讲解
文献资料一
因为标题文字:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
英文版标题文字:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
设计网站内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
资料二
因为副标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文名字微信标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
论述项目:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、典型案例繁衍思维
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13有着较弱的底物配合业务能力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物体衣康过酸绘制组实测值数据信息中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸呈现(下列图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人心得体会
算作TCA反复中的当中排泄物,衣康酸上下调整排泄、天然抗体抗体和感染之前的相互之间帮助,为的开展天然抗体抗体感染性消化道慢性病展示了使用的开展措施。衣康酸的型式中的亲电性α,β-不饱合羧酸的型式能对血清酶质上的活力半胱氨酸残基做好烷基化淡化(迈克尔加持现象),这类翻意后淡化被称作“衣康酸淡化(itaconation)”,必将反应血清酶质性能,监测天然抗体抗体回话和排泄经由,为多重消化道慢性病制剂生产研发展示新思绪。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应呈现蛋白酶组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床肯定化学发光法靶向治疗基础代谢组(QMT1000)或体力产生靶点产生组新产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
符合资料
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.